Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
HOXD3P31249 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXD3P31249 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC18.84■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 167.9 ms