Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
SMARCA1P28370 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
SMARCA1P28370 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SMARCA1P28370 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SMARCA1P28370 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
SMARCA1P28370 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SMARCA1P28370 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SMARCA1P28370 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SMARCA1P28370 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SMARCA1P28370 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SMARCA1P28370 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SMARCA1P28370 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SMARCA1P28370 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SMARCA1P28370 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SMARCA1P28370 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SMARCA1P28370 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SMARCA1P28370 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMARCA1P28370 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMARCA1P28370 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMARCA1P28370 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.2 ms