Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 HAS3-205ENST00000569188 2170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 FAM9B-202ENST00000362066 2047 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 PDE1C-206ENST00000396193 5109 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 CAMK2B-204ENST00000350811 2292 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 NR2E1-202ENST00000368986 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 IFFO1-211ENST00000615885 2775 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 GPAT3-202ENST00000395226 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 FAM66C-209ENST00000544214 2623 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SDC1P18827 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
SDC1P18827 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
SDC1P18827 TAL1-201ENST00000294339 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
SDC1P18827 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
SDC1P18827 TRAM1-201ENST00000262213 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
SDC1P18827 NADSYN1-201ENST00000319023 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
SDC1P18827 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
SDC1P18827 ZSCAN10-207ENST00000575108 2247 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
SDC1P18827 SPECC1-203ENST00000395525 2536 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
SDC1P18827 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
SDC1P18827 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
SDC1P18827 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
SDC1P18827 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
SDC1P18827 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC16.96■□□□□ 0.31
SDC1P18827 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
SDC1P18827 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC16.96■□□□□ 0.31
SDC1P18827 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
SDC1P18827 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
SDC1P18827 PABPC1L-201ENST00000217073 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
SDC1P18827 C18orf8-201ENST00000269221 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
SDC1P18827 COL9A1-201ENST00000320755 3059 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
SDC1P18827 VPS51-201ENST00000279281 2714 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
SDC1P18827 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
SDC1P18827 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC16.96■□□□□ 0.3
SDC1P18827 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
SDC1P18827 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
SDC1P18827 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
SDC1P18827 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.3
SDC1P18827 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
SDC1P18827 UQCC3-202ENST00000531323 2288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
SDC1P18827 WDFY4-202ENST00000360890 2193 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
SDC1P18827 GLDN-201ENST00000335449 4971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
SDC1P18827 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
SDC1P18827 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
SDC1P18827 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
SDC1P18827 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
SDC1P18827 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
SDC1P18827 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
SDC1P18827 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
SDC1P18827 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
SDC1P18827 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC16.95■□□□□ 0.3
SDC1P18827 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
SDC1P18827 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
SDC1P18827 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
SDC1P18827 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
SDC1P18827 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
SDC1P18827 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
SDC1P18827 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.9 ms