Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 HOXC-AS3-202ENST00000513165 533 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 MRPL34-205ENST00000600434 793 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 CFAP100-201ENST00000352312 2086 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 PXN-AS1-202ENST00000538804 508 ntTSL 4 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 TATDN3-214ENST00000532324 1381 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 AC005920.1-201ENST00000501718 2054 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 DDIT4-AS1-201ENST00000491934 847 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 DPM2-201ENST00000314392 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 MFSD13A-202ENST00000369931 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 MIR4469-201ENST00000583919 79 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 AC097376.2-204ENST00000609359 627 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 CLN3-255ENST00000637100 1284 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 KLK6-204ENST00000594641 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 CYP51A1P2-201ENST00000419457 1499 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 NPRL2-201ENST00000232501 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP54Q70EL1 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.6 ms