Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS4AQ9UN37 SYT15-202ENST00000374323 6428 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS4AQ9UN37 KDSR-202ENST00000406396 5447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS4AQ9UN37 REPS2-201ENST00000303843 7771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS4AQ9UN37 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS4AQ9UN37 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS4AQ9UN37 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS4AQ9UN37 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS4AQ9UN37 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS4AQ9UN37 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS4AQ9UN37 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS4AQ9UN37 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS4AQ9UN37 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS4AQ9UN37 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS4AQ9UN37 KIAA1324L-207ENST00000444627 3527 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS4AQ9UN37 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS4AQ9UN37 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS4AQ9UN37 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS4AQ9UN37 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS4AQ9UN37 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS4AQ9UN37 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS4AQ9UN37 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 FAM135A-209ENST00000505769 4806 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 FBF1-205ENST00000586717 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 ADGRG2-208ENST00000379873 4698 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 PTGDR-201ENST00000306051 2942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 SLC5A10-204ENST00000395647 2140 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 ZSCAN18-201ENST00000240727 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 KCNQ1-201ENST00000155840 3245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 WDR25-202ENST00000402312 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.2 ms