Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC23■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC23■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC23■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 SNHG17-206ENST00000436764 973 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 PRSS29P-201ENST00000440800 595 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 CMTM3-205ENST00000562707 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 DDX19B-207ENST00000563206 1765 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 AC093028.1-201ENST00000622998 982 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 BDKRB2-201ENST00000539359 1600 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 DPM2-201ENST00000314392 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 AP002414.1-201ENST00000391405 1147 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 PTGES3-204ENST00000448157 1017 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 SLC25A36-204ENST00000453248 1040 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 AC122138.1-201ENST00000508799 646 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 LCN8-205ENST00000612714 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 METTL26-201ENST00000301686 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 SELENOH-201ENST00000388857 833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 METTL26-205ENST00000397666 726 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 ACTG1P4-201ENST00000425123 1122 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 AL645939.2-201ENST00000427340 991 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 STK19B-204ENST00000512515 211 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 MRGPRF-202ENST00000320913 705 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 DDX43P3-201ENST00000441064 443 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 TBC1D1-203ENST00000402522 1567 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 BAG1-202ENST00000379704 1128 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 AC018685.2-201ENST00000414065 547 ntTSL 4 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 SNHG9-202ENST00000564014 471 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SHANK3Q9BYB0 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.9 ms