Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 AC116407.2-201ENST00000613639 860 ntBASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 FAM214B-206ENST00000603301 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 CYP2D6-204ENST00000389970 1714 ntTSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 HMGA2-210ENST00000541363 8094 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 GIGYF1-201ENST00000275732 6530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 FAM184B-201ENST00000265018 6622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 PRAG1-201ENST00000615670 4903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 AC025259.3-201ENST00000564531 542 ntTSL 3 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 FRMPD4-201ENST00000380682 8465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 PCDHA12-201ENST00000398631 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 CEP104-202ENST00000378230 6424 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 SPATA18-202ENST00000419395 2816 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 PPM1D-201ENST00000305921 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 SSFA2-201ENST00000320370 4965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 KIAA0368-201ENST00000259335 7391 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms