Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 ODF3B-204ENST00000405135 917 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 CRB3-204ENST00000600229 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 ADORA1-209ENST00000640524 653 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 AQP12A-201ENST00000337801 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 DHDH-204ENST00000523250 634 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 HMGCLL1-202ENST00000308161 1314 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 TEX30-206ENST00000376032 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 ARTN-206ENST00000472435 402 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.7 ms