Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 CDH6-205ENST00000514738 2569 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 TRA2A-211ENST00000538367 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 SEMA6D-205ENST00000389425 2318 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
USP4Q13107 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 TPM1-203ENST00000317516 738 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
USP4Q13107 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
USP4Q13107 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
USP4Q13107 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
USP4Q13107 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
USP4Q13107 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
USP4Q13107 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
USP4Q13107 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
USP4Q13107 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
USP4Q13107 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
USP4Q13107 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
USP4Q13107 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
USP4Q13107 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
USP4Q13107 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
USP4Q13107 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
USP4Q13107 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
USP4Q13107 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
USP4Q13107 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
USP4Q13107 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
USP4Q13107 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
USP4Q13107 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
USP4Q13107 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
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