Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 MCF2L-203ENST00000375604 6445 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 SENP5-201ENST00000323460 6308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 HEG1-201ENST00000311127 9156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 MPV17L-201ENST00000287594 5820 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 PTPRF-209ENST00000438120 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 ITGB4-201ENST00000200181 5919 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms