Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 KRT23-201ENST00000209718 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 TRA2A-202ENST00000392502 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 GLUL-201ENST00000311223 4719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 CELF6-201ENST00000287202 3345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 AC132872.2-201ENST00000581303 2368 ntTSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 DAB2IP-201ENST00000259371 5469 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 DYSF-207ENST00000409762 6727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 DYSF-211ENST00000429174 6739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 SH3BP4-201ENST00000344528 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 RASIP1-201ENST00000222145 3308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 FAM76B-201ENST00000358780 3952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 NAIF1-201ENST00000373078 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 CADPS2-204ENST00000412584 4308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 LINC00200-201ENST00000425630 2434 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 GABRB3-215ENST00000622697 5876 ntTSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 MST1L-201ENST00000442552 2185 ntBASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ABCB10-201ENST00000344517 3857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 SYNC-202ENST00000409190 3398 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 COL17A1-202ENST00000369733 5488 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 PDE1C-201ENST00000321453 2898 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 MUM1-216ENST00000627377 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 KDM4B-203ENST00000536461 5027 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 AL512625.1-201ENST00000305709 2541 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 AC004835.1-201ENST00000428222 2907 ntTSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 BCAM-206ENST00000589651 2686 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 NFATC2-205ENST00000609507 2662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 SIKE1-203ENST00000369528 5506 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 EIF4G1-204ENST00000352767 5484 ntTSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 LTF-203ENST00000426532 2494 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 FOLH1-201ENST00000256999 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 SLC52A1-201ENST00000254853 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC14.37□□□□□ -0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.6 ms