Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 JPH2-202ENST00000372980 4787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ITSN1-209ENST00000399352 5408 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 TP73-208ENST00000378295 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 MPP2-206ENST00000518766 1896 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 KLHL42-201ENST00000381271 6703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 WDR25-202ENST00000402312 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 SH3RF1-201ENST00000284637 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 NF2-202ENST00000338641 6025 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 TTBK1-201ENST00000259750 6932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 KCNMA1-201ENST00000286627 6194 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 PRDM1-203ENST00000369096 5164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 FAM66C-209ENST00000544214 2623 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 DUOX1-202ENST00000389037 5483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 ASTN2-202ENST00000313400 4747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 SLC9A6-203ENST00000370701 4755 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 PLCB2-202ENST00000456256 4242 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.5 ms