Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 SENP5-201ENST00000323460 6308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SYNE3Q6ZMZ3 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.4 ms