Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 RGS6-210ENST00000553530 5685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 PPP3CA-203ENST00000394854 4685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 PIK3R2-201ENST00000222254 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 RASGRF1-202ENST00000419573 6294 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 PLXNC1-201ENST00000258526 7346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 TSC2-207ENST00000439673 5287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 PITPNC1-203ENST00000580974 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 GABBR1-205ENST00000377034 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ADAMTS13-206ENST00000371929 4934 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms