Protein–RNA interactions for Protein: Q86TS7

LINC00643, Putative UPF0730 protein encoded by LINC00643, humanhuman

Predictions only

Length 51 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00643Q86TS7 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
LINC00643Q86TS7 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.4 ms