Protein–RNA interactions for Protein: P55347

PKNOX1, Homeobox protein PKNOX1, humanhuman

Predictions only

Length 436 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PKNOX1P55347 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
PKNOX1P55347 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
PKNOX1P55347 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
PKNOX1P55347 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
PKNOX1P55347 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
PKNOX1P55347 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
PKNOX1P55347 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
PKNOX1P55347 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
PKNOX1P55347 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
PKNOX1P55347 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
PKNOX1P55347 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
PKNOX1P55347 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
PKNOX1P55347 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
PKNOX1P55347 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
PKNOX1P55347 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
PKNOX1P55347 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
PKNOX1P55347 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
PKNOX1P55347 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
PKNOX1P55347 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
PKNOX1P55347 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
PKNOX1P55347 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
PKNOX1P55347 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
PKNOX1P55347 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
PKNOX1P55347 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
PKNOX1P55347 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC23.99■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC23.98■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
PKNOX1P55347 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
PKNOX1P55347 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.1 ms