Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIM2P55344 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIM2P55344 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIM2P55344 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIM2P55344 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
LIM2P55344 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIM2P55344 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIM2P55344 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIM2P55344 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIM2P55344 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIM2P55344 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIM2P55344 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIM2P55344 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIM2P55344 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIM2P55344 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIM2P55344 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIM2P55344 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIM2P55344 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIM2P55344 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIM2P55344 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIM2P55344 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIM2P55344 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIM2P55344 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIM2P55344 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIM2P55344 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIM2P55344 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIM2P55344 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIM2P55344 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIM2P55344 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIM2P55344 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIM2P55344 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIM2P55344 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIM2P55344 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIM2P55344 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIM2P55344 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIM2P55344 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIM2P55344 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
LIM2P55344 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIM2P55344 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIM2P55344 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIM2P55344 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
LIM2P55344 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIM2P55344 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
LIM2P55344 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIM2P55344 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIM2P55344 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIM2P55344 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIM2P55344 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIM2P55344 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIM2P55344 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIM2P55344 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIM2P55344 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIM2P55344 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIM2P55344 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIM2P55344 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
LIM2P55344 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIM2P55344 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIM2P55344 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIM2P55344 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIM2P55344 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIM2P55344 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIM2P55344 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIM2P55344 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIM2P55344 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIM2P55344 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIM2P55344 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIM2P55344 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIM2P55344 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIM2P55344 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIM2P55344 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIM2P55344 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIM2P55344 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIM2P55344 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIM2P55344 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIM2P55344 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIM2P55344 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIM2P55344 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIM2P55344 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIM2P55344 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIM2P55344 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIM2P55344 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIM2P55344 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIM2P55344 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
LIM2P55344 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIM2P55344 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIM2P55344 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIM2P55344 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIM2P55344 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIM2P55344 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIM2P55344 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIM2P55344 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIM2P55344 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIM2P55344 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIM2P55344 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIM2P55344 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIM2P55344 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
LIM2P55344 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIM2P55344 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIM2P55344 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIM2P55344 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10 ms