Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 MRPL55-208ENST00000366734 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 MRPL55-217ENST00000366746 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 AC134684.3-201ENST00000641758 218 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 AC097374.2-201ENST00000618617 1306 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 ESR1-204ENST00000406599 1251 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 NDN-201ENST00000331837 1931 ntAPPRIS P1 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 PIH1D1-201ENST00000262265 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 BX005266.1-201ENST00000473402 457 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 RPA2-202ENST00000373909 1162 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 TBC1D3P5-201ENST00000579401 1545 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.6 ms