Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 STK10-201ENST00000176763 6060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP39Q53GS9 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 AC034213.1-201ENST00000507681 806 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 MRC2-201ENST00000303375 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP39Q53GS9 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms