Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 GFOD1-203ENST00000379287 8751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 LANCL3-201ENST00000378619 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 ARSK-202ENST00000504763 1088 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 RALGAPA1-219ENST00000637992 8512 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 NMRK1-203ENST00000376811 2050 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 HPGD-213ENST00000541923 2920 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 GLIS1-201ENST00000312233 2812 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
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