Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 CACNA1B-206ENST00000371372 9790 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 LCORL-201ENST00000326877 5604 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
VPS29Q9UBQ0 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
VPS29Q9UBQ0 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
VPS29Q9UBQ0 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
VPS29Q9UBQ0 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
VPS29Q9UBQ0 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28 ms