Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28 ms