Protein–RNA interactions for Protein: Q96K76

USP47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, humanhuman

Predictions only

Length 1,375 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP47Q96K76 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP47Q96K76 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.8 ms