Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 AC127496.4-201ENST00000571591 549 ntTSL 4 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 AQP12B-206ENST00000621682 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 AC015922.1-201ENST00000421102 1152 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 TIMM13-202ENST00000591871 631 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 AC005498.2-205ENST00000593218 784 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 HIST1H3D-201ENST00000356476 411 ntAPPRIS P1 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 DUT-210ENST00000559935 569 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 MIR22HG-204ENST00000571595 767 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 ZNF324B-203ENST00000594214 564 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 AC098484.3-202ENST00000603943 1011 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 NADK2-206ENST00000506945 1437 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 RNA5SP421-201ENST00000516864 134 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 AC136475.3-203ENST00000525217 617 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 AC099482.1-201ENST00000563471 481 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 IER3IP1-202ENST00000639845 832 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 SNCA-205ENST00000394991 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 HLA-DRB6-201ENST00000411500 1235 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
HLA-CQ95604 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.7 ms