Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 AC105339.3-201ENST00000560043 636 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 LARP4-210ENST00000522085 1577 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 NADK2-206ENST00000506945 1437 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC21.7■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 DHDH-204ENST00000523250 634 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC21.7■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 LINC02138-201ENST00000378340 1326 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 MRNIP-205ENST00000518235 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 ETFA-208ENST00000559602 792 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 RPA2-202ENST00000373909 1162 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 AL355315.1-201ENST00000370649 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 YWHAZ-203ENST00000395951 964 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 AC138969.1-205ENST00000381497 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 BX005266.1-201ENST00000473402 457 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN9AQ15858 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
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