Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 FGFR1-206ENST00000397091 5702 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 ARHGEF28-214ENST00000545377 6351 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 PHF12-205ENST00000577226 7679 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.5 ms