Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SHMT2P34897 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.7 ms