Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC17.3■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
ATG4BQ9Y4P1 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.7 ms