Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 IRAK3-202ENST00000457197 1853 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP4AQ9BY43 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP4AQ9BY43 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP4AQ9BY43 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP4AQ9BY43 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP4AQ9BY43 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP4AQ9BY43 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP4AQ9BY43 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms