Protein–RNA interactions for Protein: P62857

RPS28, 40S ribosomal protein S28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 69 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPS28P62857 ITM2C-201ENST00000326407 1888 ntTSL 1 (best) BASIC10.57□□□□□ -0.72
RPS28P62857 PPP5D1-201ENST00000414155 1882 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC10.57□□□□□ -0.72
RPS28P62857 KNSTRN-202ENST00000416151 1899 ntTSL 3 BASIC10.57□□□□□ -0.72
RPS28P62857 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC10.57□□□□□ -0.72
RPS28P62857 GGACT-202ENST00000455100 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.57□□□□□ -0.72
RPS28P62857 PHAX-201ENST00000297540 4288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.57□□□□□ -0.72
RPS28P62857 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC10.57□□□□□ -0.72
RPS28P62857 OSBPL9-222ENST00000531828 2210 ntTSL 5 BASIC10.57□□□□□ -0.72
RPS28P62857 DAGLA-201ENST00000257215 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.57□□□□□ -0.72
RPS28P62857 CA12-203ENST00000422263 2556 ntTSL 2 BASIC10.57□□□□□ -0.72
RPS28P62857 AC027601.1-201ENST00000575922 4506 ntTSL 2 BASIC10.57□□□□□ -0.72
RPS28P62857 ZNF385A-205ENST00000546970 2494 ntTSL 1 (best) BASIC10.57□□□□□ -0.72
RPS28P62857 FAM9B-202ENST00000362066 2047 ntTSL 2 BASIC10.57□□□□□ -0.72
RPS28P62857 BRF1-205ENST00000440513 2368 ntTSL 2 BASIC10.57□□□□□ -0.72
RPS28P62857 IL11-201ENST00000264563 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 RGS3-201ENST00000317613 2542 ntTSL 2 BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 CALD1-222ENST00000495522 2199 ntTSL 5 BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 NUTM2A-202ENST00000381707 3290 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 NUTM2B-203ENST00000429828 3292 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 IL17RD-208ENST00000640796 2345 ntTSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 WASHC2C-202ENST00000359860 4471 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 ASAH1-254ENST00000637636 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 SHANK3-201ENST00000262795 7091 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 AC011700.1-201ENST00000610409 2627 ntBASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 NRBP1-201ENST00000233557 2887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 PTPRN2-205ENST00000409483 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 RBM26-203ENST00000438737 4132 ntTSL 5 BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 DNAJB6-201ENST00000262177 2527 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 SH3BP4-201ENST00000344528 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 STIP1-207ENST00000538945 1900 ntTSL 2 BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 SUCLA2-201ENST00000378654 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 GIT2-220ENST00000553118 2424 ntTSL 5 BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 CA10-201ENST00000285273 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 UVSSA-206ENST00000507531 2597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 TP73-204ENST00000378280 2062 ntTSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 CLCN7-202ENST00000382745 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 GABRG3-208ENST00000615808 10768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 USP25-201ENST00000285679 3973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 KCNJ14-201ENST00000342291 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 AP001372.2-201ENST00000526036 2493 ntTSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 PPP1CB-202ENST00000358506 4771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 PHLDA1-203ENST00000619060 5913 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
RPS28P62857 SHISA2-201ENST00000319420 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 CLCN2-201ENST00000265593 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 PML-208ENST00000436891 3010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 DMAC1-201ENST00000358227 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 GPD1L-201ENST00000282541 4060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 AC087386.2-201ENST00000623212 4637 ntBASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 AC126335.2-201ENST00000623362 4637 ntBASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 TRIM9-202ENST00000338969 3312 ntTSL 2 BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 SHISA9-203ENST00000558583 6724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 CLIC6-202ENST00000360731 3860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 SLC3A2-203ENST00000377890 2161 ntTSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 WDR97-201ENST00000323662 6916 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 BCAR1-204ENST00000418647 3387 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 DGAT2-202ENST00000376262 2324 ntTSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 EGLN3-201ENST00000250457 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 BTNL9-201ENST00000327705 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 HSD3B7-201ENST00000262520 2200 ntTSL 2 BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 ZNF596-201ENST00000308811 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 ITGB2-203ENST00000355153 2913 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 ZNF197-203ENST00000383744 1989 ntTSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 AC113189.2-201ENST00000575310 1975 ntTSL 2 BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 ACTN4-201ENST00000252699 4963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 SCN3B-202ENST00000392770 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 GNE-202ENST00000396594 5298 ntTSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 PXN-221ENST00000637617 3246 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 YPEL1-201ENST00000339468 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 MAPKAP1-201ENST00000265960 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 DDX1-202ENST00000381341 2817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 TUBGCP6-201ENST00000248846 5612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 KRT15-201ENST00000254043 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 COL25A1-203ENST00000399132 2724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 RASD2-201ENST00000216127 3412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 WDR27-201ENST00000423258 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
RPS28P62857 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
RPS28P62857 LEKR1-209ENST00000491763 1940 ntTSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
RPS28P62857 OSMR-201ENST00000274276 5539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
RPS28P62857 MFSD1-202ENST00000392813 2244 ntTSL 2 BASIC10.54□□□□□ -0.72
RPS28P62857 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.7 ms