Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF13B-203ENST00000579315 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 MIR4469-201ENST00000583919 79 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 AC064836.3-201ENST00000607928 673 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 LHX6-205ENST00000464484 666 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 DDIT4-AS1-201ENST00000491934 847 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 C5orf66-202ENST00000507641 547 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 AC010507.1-202ENST00000633286 381 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 RPS17-201ENST00000330244 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 RER1-202ENST00000378512 1404 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 MIR770-201ENST00000390219 98 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 AGTRAP-205ENST00000400895 786 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 TIMM17B-208ENST00000495490 939 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 UBE2V2-201ENST00000517630 612 ntTSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 AC074135.2-201ENST00000600896 510 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 C8orf46-215ENST00000522977 1347 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 PNMT-202ENST00000394246 821 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 RNF151-202ENST00000569210 853 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 LINC00668-203ENST00000579012 605 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC9Q9Y3X0 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 96.1 ms