Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 TRAM1-201ENST00000262213 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 LRRC56-201ENST00000270115 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 HRAT92-201ENST00000452622 3506 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 SNED1-204ENST00000401884 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 WDR25-202ENST00000402312 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 PRCC-201ENST00000271526 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 TAPBP-233ENST00000426633 1888 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 PTPA-203ENST00000348141 2737 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 PTPA-207ENST00000393370 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 GOLGA7-204ENST00000520817 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 SWAP70-202ENST00000447399 3538 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 LHX3-203ENST00000619587 2698 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 TBL2-201ENST00000305632 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 ENPP1-201ENST00000360971 7442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 DIABLO-206ENST00000443649 2250 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 AC084018.2-201ENST00000613093 2607 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.2 ms