Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 GALNT10-201ENST00000297107 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms