Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 DCHS2-201ENST00000339452 5064 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.2 ms