Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 TMEM229B-201ENST00000357461 4068 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC14.58□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 IFRD1-202ENST00000403825 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 LINC01215-201ENST00000607746 2592 ntTSL 3 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 RBCK1-215ENST00000640614 2599 ntTSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 NRXN1-204ENST00000401669 5870 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 RAB35-201ENST00000229340 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 CSTB-204ENST00000640406 2354 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 HNF1B-202ENST00000614313 1819 ntTSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 HNF1B-203ENST00000617272 1820 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 PLCB1-203ENST00000378641 7323 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 MFSD4B-201ENST00000368847 5958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 ACAP1-201ENST00000158762 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 CCNI2-204ENST00000614847 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 TSPOAP1-202ENST00000343736 5947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 GDPD5-214ENST00000533784 2441 ntTSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 COL9A1-201ENST00000320755 3059 ntTSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 SCAF8-201ENST00000367178 5057 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 ZNF134-201ENST00000396161 4914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 MSI2-201ENST00000284073 6364 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 RBCK1-202ENST00000356286 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 VASN-201ENST00000304735 2806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 YARS2-201ENST00000324868 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 C8orf34-206ENST00000518698 2223 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 PCNX3-201ENST00000355703 7105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 PPM1D-201ENST00000305921 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 PELP1-208ENST00000572293 5272 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 EGR2-203ENST00000439032 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP39-202ENST00000377307 4673 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 PTPN5-202ENST00000396166 2299 ntTSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
RPUSD4Q96CM3 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC14.56□□□□□ -0.08
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