Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 SYT15-202ENST00000374323 6428 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 EHMT1-204ENST00000462484 2707 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.4 ms