Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.5 ms