Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 CLN3-216ENST00000565316 1318 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC87Q9NVE4 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 ILDR1-203ENST00000393631 1456 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 FUOM-202ENST00000368551 628 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 AL049869.3-201ENST00000554918 558 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 AC135776.2-201ENST00000567803 714 ntTSL 4 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 CSF3-203ENST00000394148 622 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 AC015712.1-203ENST00000559331 593 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 AL139424.1-201ENST00000607572 797 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 AC021188.1-201ENST00000421534 740 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC87Q9NVE4 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.5 ms