Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 HNRNPM-217ENST00000620401 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 TLE4-206ENST00000376552 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 MYH14-203ENST00000425460 6811 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 H2AFV-201ENST00000222690 3804 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 DHCR7-201ENST00000355527 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 MAP4K4-205ENST00000350878 7640 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 SPAG1-201ENST00000251809 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 GABBR1-205ENST00000377034 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 CCDC62-201ENST00000253079 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 ACAP1-201ENST00000158762 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 NRXN1-220ENST00000611589 1857 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 INPP5B-201ENST00000373021 3934 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 NF2-208ENST00000403435 2568 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 RANBP9-201ENST00000011619 3113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 PPP3CA-203ENST00000394854 4685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 FCGBP-203ENST00000620799 4926 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 KLC2-201ENST00000316924 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 STOX1-201ENST00000298596 3377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 FO681492.1-201ENST00000623662 5321 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 KDM5C-204ENST00000375401 6031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 CSTB-204ENST00000640406 2354 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 ZBTB32-201ENST00000262630 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC112Q8NEF3 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.4 ms