Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 NDN-201ENST00000331837 1931 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.2 ms