Protein–RNA interactions for Protein: Q04844

CHRNE, Acetylcholine receptor subunit epsilon, humanhuman

Predictions only

Length 493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHRNEQ04844 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 LINC00472-203ENST00000426635 2958 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 AMN1-201ENST00000281471 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 AC141586.5-201ENST00000624546 2050 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 TCF4-201ENST00000354452 3482 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 SH2B1-216ENST00000618521 2935 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC17.14■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.34
CHRNEQ04844 TMEM119-201ENST00000392806 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CHRNEQ04844 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
CHRNEQ04844 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CHRNEQ04844 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
CHRNEQ04844 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CHRNEQ04844 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CHRNEQ04844 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CHRNEQ04844 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CHRNEQ04844 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CHRNEQ04844 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CHRNEQ04844 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.2 ms