Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
VAMP4O75379 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VAMP4O75379 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.7 ms