Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 AL139384.1-201ENST00000612143 3047 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 RABEP1-202ENST00000537505 5365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 ASXL1-212ENST00000620121 5374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 GUCY1B3-206ENST00000507146 2709 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 MPV17L-201ENST00000287594 5820 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 HCN1-201ENST00000303230 9885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 IFFO1-211ENST00000615885 2775 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 BTBD1-201ENST00000261721 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 CDH23-205ENST00000398809 4533 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 ISM1-201ENST00000262487 2593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 GDPD5-214ENST00000533784 2441 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 ARID5A-203ENST00000454558 3079 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 YARS2-201ENST00000324868 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 MPP2-206ENST00000518766 1896 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 FTCDNL1-204ENST00000622774 1997 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 CDC73-201ENST00000367435 4969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 MCM7-203ENST00000354230 2975 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 RBPJL-201ENST00000343694 2489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 RAB23-202ENST00000468148 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 PJA1-201ENST00000361478 2755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 PARD3B-206ENST00000462231 2968 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 ATXN2-201ENST00000377617 4702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 PAK4-202ENST00000358301 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC112Q8NEF3 KIF16B-201ENST00000354981 5261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms