Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 KIF13B-206ENST00000524189 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
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