Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HIF3AQ9Y2N7 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HIF3AQ9Y2N7 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HIF3AQ9Y2N7 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HIF3AQ9Y2N7 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HIF3AQ9Y2N7 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HIF3AQ9Y2N7 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HIF3AQ9Y2N7 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HIF3AQ9Y2N7 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HIF3AQ9Y2N7 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
HIF3AQ9Y2N7 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
HIF3AQ9Y2N7 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
HIF3AQ9Y2N7 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HIF3AQ9Y2N7 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
HIF3AQ9Y2N7 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HIF3AQ9Y2N7 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HIF3AQ9Y2N7 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HIF3AQ9Y2N7 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
HIF3AQ9Y2N7 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HIF3AQ9Y2N7 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HIF3AQ9Y2N7 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HIF3AQ9Y2N7 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HIF3AQ9Y2N7 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HIF3AQ9Y2N7 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HIF3AQ9Y2N7 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HIF3AQ9Y2N7 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HIF3AQ9Y2N7 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HIF3AQ9Y2N7 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms