Protein–RNA interactions for Protein: Q9P218

COL20A1, Collagen alpha-1(XX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,284 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL20A1Q9P218 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL20A1Q9P218 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
COL20A1Q9P218 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
COL20A1Q9P218 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
COL20A1Q9P218 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
COL20A1Q9P218 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.58■■■□□ 2.17
COL20A1Q9P218 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.58■■■□□ 2.17
COL20A1Q9P218 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
COL20A1Q9P218 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
COL20A1Q9P218 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC28.57■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
COL20A1Q9P218 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL20A1Q9P218 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL20A1Q9P218 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL20A1Q9P218 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL20A1Q9P218 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL20A1Q9P218 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL20A1Q9P218 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL20A1Q9P218 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL20A1Q9P218 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL20A1Q9P218 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL20A1Q9P218 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL20A1Q9P218 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
COL20A1Q9P218 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL20A1Q9P218 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL20A1Q9P218 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL20A1Q9P218 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
COL20A1Q9P218 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL20A1Q9P218 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL20A1Q9P218 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL20A1Q9P218 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL20A1Q9P218 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL20A1Q9P218 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
COL20A1Q9P218 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL20A1Q9P218 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL20A1Q9P218 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL20A1Q9P218 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL20A1Q9P218 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
COL20A1Q9P218 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
COL20A1Q9P218 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL20A1Q9P218 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL20A1Q9P218 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL20A1Q9P218 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL20A1Q9P218 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL20A1Q9P218 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL20A1Q9P218 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL20A1Q9P218 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL20A1Q9P218 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.3 ms