Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
USP40Q9NVE5 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
USP40Q9NVE5 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC29.98■■■□□ 2.39
USP40Q9NVE5 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC29.98■■■□□ 2.39
USP40Q9NVE5 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
USP40Q9NVE5 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC29.97■■■□□ 2.39
USP40Q9NVE5 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC29.97■■■□□ 2.39
USP40Q9NVE5 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
USP40Q9NVE5 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
USP40Q9NVE5 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC29.97■■■□□ 2.39
USP40Q9NVE5 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC29.97■■■□□ 2.39
USP40Q9NVE5 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
USP40Q9NVE5 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC29.97■■■□□ 2.39
USP40Q9NVE5 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
USP40Q9NVE5 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
USP40Q9NVE5 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
USP40Q9NVE5 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
USP40Q9NVE5 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC29.96■■■□□ 2.39
USP40Q9NVE5 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
USP40Q9NVE5 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC29.94■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC29.92■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC29.91■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC29.91■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC29.91■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC29.91■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC29.9■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC29.9■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC29.89■■■□□ 2.38
USP40Q9NVE5 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.37
USP40Q9NVE5 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC29.88■■■□□ 2.37
USP40Q9NVE5 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC29.88■■■□□ 2.37
USP40Q9NVE5 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC29.88■■■□□ 2.37
USP40Q9NVE5 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
USP40Q9NVE5 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
USP40Q9NVE5 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
USP40Q9NVE5 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
USP40Q9NVE5 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC29.87■■■□□ 2.37
USP40Q9NVE5 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
USP40Q9NVE5 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
USP40Q9NVE5 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
USP40Q9NVE5 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
USP40Q9NVE5 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
USP40Q9NVE5 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
USP40Q9NVE5 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
USP40Q9NVE5 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
USP40Q9NVE5 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC29.86■■■□□ 2.37
USP40Q9NVE5 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
USP40Q9NVE5 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
USP40Q9NVE5 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.84■■■□□ 2.37
USP40Q9NVE5 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC29.84■■■□□ 2.37
USP40Q9NVE5 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
USP40Q9NVE5 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
USP40Q9NVE5 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC29.83■■■□□ 2.37
USP40Q9NVE5 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
USP40Q9NVE5 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.82■■■□□ 2.36
USP40Q9NVE5 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
USP40Q9NVE5 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
USP40Q9NVE5 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
USP40Q9NVE5 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
USP40Q9NVE5 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC29.8■■■□□ 2.36
USP40Q9NVE5 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
USP40Q9NVE5 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC29.79■■■□□ 2.36
USP40Q9NVE5 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
USP40Q9NVE5 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
USP40Q9NVE5 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
USP40Q9NVE5 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
USP40Q9NVE5 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
USP40Q9NVE5 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC29.78■■■□□ 2.36
USP40Q9NVE5 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
USP40Q9NVE5 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
USP40Q9NVE5 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.77■■■□□ 2.36
USP40Q9NVE5 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC29.76■■■□□ 2.36
USP40Q9NVE5 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
USP40Q9NVE5 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC29.76■■■□□ 2.35
USP40Q9NVE5 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC29.76■■■□□ 2.35
USP40Q9NVE5 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
USP40Q9NVE5 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
USP40Q9NVE5 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
USP40Q9NVE5 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
USP40Q9NVE5 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
USP40Q9NVE5 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 108.7 ms