Protein–RNA interactions for Protein: Q9H1J1

UPF3A, Regulator of nonsense transcripts 3A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF3AQ9H1J1 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
UPF3AQ9H1J1 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
UPF3AQ9H1J1 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
UPF3AQ9H1J1 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
UPF3AQ9H1J1 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
UPF3AQ9H1J1 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
UPF3AQ9H1J1 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
UPF3AQ9H1J1 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
UPF3AQ9H1J1 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
UPF3AQ9H1J1 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
UPF3AQ9H1J1 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
UPF3AQ9H1J1 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC28.11■■■□□ 2.09
UPF3AQ9H1J1 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
UPF3AQ9H1J1 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC28.1■■■□□ 2.09
UPF3AQ9H1J1 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
UPF3AQ9H1J1 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
UPF3AQ9H1J1 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC28.09■■■□□ 2.09
UPF3AQ9H1J1 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
UPF3AQ9H1J1 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
UPF3AQ9H1J1 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
UPF3AQ9H1J1 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC28.06■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
UPF3AQ9H1J1 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
UPF3AQ9H1J1 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
UPF3AQ9H1J1 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
UPF3AQ9H1J1 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC27.99■■■□□ 2.07
UPF3AQ9H1J1 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
UPF3AQ9H1J1 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
UPF3AQ9H1J1 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
UPF3AQ9H1J1 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
UPF3AQ9H1J1 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
UPF3AQ9H1J1 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
UPF3AQ9H1J1 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
UPF3AQ9H1J1 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
UPF3AQ9H1J1 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
UPF3AQ9H1J1 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
UPF3AQ9H1J1 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
UPF3AQ9H1J1 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
UPF3AQ9H1J1 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
UPF3AQ9H1J1 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
UPF3AQ9H1J1 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
UPF3AQ9H1J1 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
UPF3AQ9H1J1 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC27.93■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
UPF3AQ9H1J1 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC27.88■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms