Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC28BQ9BUN5 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC28BQ9BUN5 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms