Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRZ2

TRIM56, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 755 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM56Q9BRZ2 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
TRIM56Q9BRZ2 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
TRIM56Q9BRZ2 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
TRIM56Q9BRZ2 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
TRIM56Q9BRZ2 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
TRIM56Q9BRZ2 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
TRIM56Q9BRZ2 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
TRIM56Q9BRZ2 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
TRIM56Q9BRZ2 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
TRIM56Q9BRZ2 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
TRIM56Q9BRZ2 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
TRIM56Q9BRZ2 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
TRIM56Q9BRZ2 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TRIM56Q9BRZ2 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TRIM56Q9BRZ2 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TRIM56Q9BRZ2 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TRIM56Q9BRZ2 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TRIM56Q9BRZ2 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TRIM56Q9BRZ2 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TRIM56Q9BRZ2 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
TRIM56Q9BRZ2 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRIM56Q9BRZ2 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
TRIM56Q9BRZ2 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM56Q9BRZ2 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM56Q9BRZ2 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM56Q9BRZ2 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM56Q9BRZ2 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM56Q9BRZ2 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM56Q9BRZ2 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM56Q9BRZ2 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM56Q9BRZ2 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM56Q9BRZ2 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM56Q9BRZ2 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM56Q9BRZ2 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM56Q9BRZ2 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM56Q9BRZ2 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM56Q9BRZ2 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM56Q9BRZ2 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM56Q9BRZ2 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM56Q9BRZ2 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM56Q9BRZ2 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM56Q9BRZ2 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM56Q9BRZ2 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM56Q9BRZ2 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM56Q9BRZ2 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM56Q9BRZ2 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM56Q9BRZ2 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
TRIM56Q9BRZ2 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM56Q9BRZ2 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM56Q9BRZ2 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM56Q9BRZ2 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM56Q9BRZ2 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM56Q9BRZ2 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM56Q9BRZ2 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM56Q9BRZ2 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM56Q9BRZ2 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM56Q9BRZ2 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM56Q9BRZ2 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM56Q9BRZ2 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRIM56Q9BRZ2 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRIM56Q9BRZ2 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRIM56Q9BRZ2 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRIM56Q9BRZ2 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
TRIM56Q9BRZ2 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
TRIM56Q9BRZ2 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.4 ms